No, nevidím problém v tom jednou za čas náplně proprat (vatu vyměnit, ostatní propláchnout). Osobně se mi (resp. spíš třeba v pražské zoo) osvědčili zkrápěcí filtry, které byly udělané opravdu na koleně, voda čerpána menší pumpou na blok akvacitu v bedýnce od mléka, dírama na dně voda volně padala zpět na hladinu vody do terária (teda byly to spíš takoví kádě než terária, ale princip stejný). Od té doby, co je používají, tak až na jednu výjimku (tam se z nějakého důvodu pořád tvořily nevhodné bakterie, tak musel být použit jiný, ale stejně udělaný, a pak už to makalo) jsou všechny vodní želvy bez problémů s plísněmi a záněty a to i přestože voda je krmením často mechanicky dost znečištěná, ale chemicky je dobrá.
Jen pro upřesnění k nerous, prát by se měly náplně ve vodě podobné teploty jako v teráriu, aby bakterie neutrpěli teplotní šok, tedy v případě vyhřáté vody na 27 st., je nevhodné použít studenou vodu, ale nastavit si např. na sprše podobnou teplotu.