Při čištění akvária se nesmí používat způsob, který jste doteď praktikoval, tedy vylití věškeré vody, vydrhnutí dna a stěn a opětovné napuštění. Dělají se tzv. pravidelné částečné výměny vody (pokud jste měl někdy akvárium s rybičkami, tak je to stejné). Ze začátku je dobré dělat výměny častějí 1x týdně 25-35% vody, nikdy ale ne více než 50%. Po záběhu akvária, kdy se namnoží bakterie jak ve filtru tak ve dně akvária ( vhodný substrát na dno je jemný křemený písek 1-2mm zrnitost) je možné intervaly prodloužit. Výměny je nutné dělat, ikdyž se vám voda bude zdát opticky čistá. Čpavek, dusitany a dusičnany nejsou vidět a tyhle látky se ve vodě kumulují a při vysoké koncentraci mohou celý biologický cyklus narušit.