Zaleží pro jaká vajíčka. Obecně se dělají dva typy tzv. vodní a tzv. suchý.

Vodní typ inkubátoru má na dně několik cm vody a v nich akvarijní topítko s termostatem a vajíčka jsou umístěna v substrátu v nádobce nad hladinou (na roštu nebo na cihle). Nevýhodou tohoto způsobu je velká kondenzace vody na stropě a časté zkapávání vody, takže musí být nad vajíčky nějaké víčko nebo ještě lépe plastová stříška. Někdy tam bývá problém s kolísáním teplot, proto je třeba, aby byl dobře izolován (polystyrén) a na místě, kde nedochází k velkému kolísání teplot. Výhodou je opravdu vysoká vzdušná vlhkost.

Suchý typ má vytápění shora, většinou topným kabelem, který je regulován termostatem, na dně bývá také 1-2 cm vody, která se podílí na vyšší vlhkosti, jelikož, ale zde nebývá vlhkost tak vysoká jako ve vodním inkubátoru a tak je vhodné vajíčka vkládat do navlhčeného substrátu a uzavírat v krabičce jen s minimálním větráním.

Samozřejmě lze oba způsoby ještě kombinovat a vylepšovat a nebo naopak lze vajíčka jen zavřít do krabičky se substrátem a inkubovat na vhodném místě v teráriu nebo nad teráriem, kde kolísají teploty ve vhodném gradientu.

Obecně lze říci, že vajíčkám vyhovují teploty mezi 24-32 st.C a vyšší vzdušnou vlhkost (85-95%), vajíčka většiny gekonů, ještěrek, některých hadů a chameleonů snášejí i poměrně velké rozkyvy denních a nočních teplot a zdá se, že jim je to spíše ku prospěchu.
Vajíčkám krokodýlů, leguánů, želv vyhovují spíše stálé teploty, ale nelze to především u těch želv paušalizovat.
Kožovitá vajíčka (hadi, ještěrky, agamy, leguáni, scinkové, slepýšovití, chameleóni, varani, gekončíci) se ukládají do mírně vlhkého substrátu, protože během vývoje přijímají vodu a většinou nabývají na objemu.
Vápenitá vajíčka (gekoni, želvy, krokodýli) se ukládají spíše do suššího někdy i zcela suchého substrátu nebo volně např. na nějaký rošt, ale vyžadují vysokou vzdušnou vlhkost.
U některých druhů (želvy, krokodýli, gekončíci, někteří gekoni, některé agamy)funguje tzv. TSD (tepelná determinace pohlaví), kde teploty v určité části inkubace rozhodují o výsledném pohlaví jedince. TSD existuje více typů a jednotlivé druhy mají různé mezní teploty pro obě pohlaví.

Největším problémem při inkubaci vajec může být voda kapající na vajíčka, příliš mokrý (nebo i suchý) substrát, nevhodné (nízké, vysoké, příliš kolísající) teploty nebo nízká vzdušná vlhkost.