Mikročip je jednak trochu drahá legrácka, jednak u menších zvířat v podstatě nepoužitelná.

A navíc dost nejistá, určitá část čipů buď může vypadnout nebo se naopak dostat mnohem dál než je dosah standardně používaných čteček, navíc životnost čipu je omezená (možná jen pár roků, nikdo zatím vlastně neví) a pokud k tomu dojde u zvířete, které je v přírodě (označené např. pro různé výzkumy), tak je to nenahraditelné, protože už ho nikdo nepozná. V tomto ohledu jsou např. zářezy do krunýře dobré. Otázkou je ovšem vždy odůvodnění a smysluplnost značení, resp. výzkumu.